Gastroskopia trwa zwykle kilka minut i przeprowadzana jest w pozycji leżącej na lewym boku. Do jamy ustnej pacjenta wprowadza się cienki, elastyczny gastroskop, przez który lekarz może obejrzeć wnętrze przewodu pokarmowego.
Badanie może być wykonane w znieczuleniu miejscowym (spray do gardła) W razie potrzeby możliwe jest pobranie wycinków lub wykonanie zabiegów terapeutycznych.
Gastroskopia jest bezpieczna i rutynowo wykonywana. Może powodować chwilowy dyskomfort (uczucie ucisku lub odruch wymiotny). Dzięki nowoczesnym technikom – np. przez nos – jest dobrze tolerowana nawet przez osoby z silnym lękiem przed procedurami medycznymi.